Хиро Онода родился 19 марта 1922 года в селе Камэкава префектуры Вакаяма. В декабре 1942 года был призван на военную службу, проявил себя способным и решительным военным, к январю 1945 года дослужился до звания младшего лейтенанта разведки. Был отправлен на филиппинский остров Лубанг.

Перед этим молодой офицер получил от своего командира, генерал-лейтенанта Сидзуо Ёкоямы, следующий приказ: «Самоубийство категорически запрещается! Держись 3-5 лет. Я обязательно приду за тобой. Продолжай борьбу, пока ещё жив хотя бы один солдат, даже если придётся питаться плодами пальм. Повторяю, самоубийство строго запрещено!». По прибытии в Лубанг после поражения основной японской группировки Онода обустроил базу в джунглях и начал вести партизанскую войну в тылу врага вместе со своими подчинёнными: рядовым первого класса Юити Акацу, рядовым высшего класса Кинсити Кодзукой и капралом Сёити Симадой.

15 августа 1945 года Япония подписала акт о капитуляции. Вскоре в руки Оноды попали американские листовки, в которых сообщалось об окончании войны. Онода расценил эти документы как вражескую пропаганду и продолжил борьбу против США. Из-за отсутствия связи с его группой в сентябре 1945 года японские власти объявили её членов погибшими. Однако в 1950 году Юити Акацу сдался филиппинской полиции и в 1951 году вернулся на родину, благодаря чему стало известно, что Онода и двое его подчинённых всё ещё живы.

7 мая 1954 года в горах острова Лубанг отряд филиппинской полиции столкнулся с группой Оноды. В ходе перестрелки был убит рядовой Сёити Симада. После этого инцидента филиппинское правительство разрешило членам японской комиссии начать поиски японских солдат. На основе показаний Юити Акацу комиссия проводила поиск в течение мая 1954 года, всего 1958 года и мая-декабря 1959 года, но найти Оноду и его подчинённого Кодзуку не смогла. По прошествии десяти лет, 31 мая 1969 года японское правительство вторично объявило их погибшими и посмертно наградило Орденом Восходящего Солнца 6-й степени.

В течение 30 лет пребывания в джунглях Лубанга Онода адаптировался к их условиям, вёл кочевой образ жизни, собирал сведения о противнике, а также осуществил ряд нападений на филиппинских военнослужащих и полицейских. Разведчик питался сушёным мясом диких буйволов, которые были подстрелены им самим, а также плодами пальм, преимущественно кокосов. Со своими подчинёнными Онода совершил более ста нападений на американскую радарную базу, филиппинских чиновников и полицию. В ходе этих операций им были убиты 30 и тяжело ранены более 100 военных и гражданских лиц.

20 февраля 1974 года молодой японский путешественник студент Норио Судзуки случайно нашёл Оноду в джунглях Лубанга. Судзуки пытался склонить его к возвращению на родину, рассказывая о конце войны, поражении японцев и современном процветании Японии. Однако Онода отказался, объясняя, что не может покинуть место службы, потому что не имеет разрешения на это от своего старшего офицера. Судзуки вернулся в Японию один, но привёз фотографии японского разведчика, которые произвели фурор в японских средствах массовой информации. Японское правительство срочно связалось с Ёсими Танигути, бывшим майором Императорской армии Японии и непосредственным командиром Оноды, который после окончания войны работал в книжном магазине. 9 марта 1974 года Танигути прилетел на Лубанг, вышел на связь с Онодой, будучи одет в военную форму, и объявил ему следующий приказ о сдаче.

10 марта 1974 года Онода принёс отчёт для Танигути на радарную станцию и сдался филиппинским войскам. Он был в полном военном обмундировании, имея на руках исправную винтовку Арисака тип 99, 500 патронов к ней, несколько ручных гранат и самурайский меч. Японец передал свой меч командиру базы в знак капитуляции и был готов к смерти. Однако командир вернул ему оружие, назвав его «образцом армейской верности». По филиппинскому законодательству Оноде грозила смертная казнь за грабежи и убийства, нападения на полицию и военных в течение 1945—1974 годов, однако благодаря вмешательству МИД Японии он был помилован. На церемонии капитуляции присутствовали высокопоставленные лица обеих стран, в том числе тогдашний президент Филиппин Фердинанд Маркос. Онода торжественно вернулся на родину 12 марта 1974 года.

Умер Онода 16 января 2014 года в Токио, не дожив до 92 лет 2 месяца.